El toponimo Fodele se utiliza por primera vez en 1248 ; en un texto de los archivos de los monasterios del lugar. Se atribuye a los primeros colonos Fodelle , apellido que se refiere en textos del siglo 13 y 14 donde encontramos una lista de los cretenses vasayos que se liberaron despues del pacto de Alexios Kalergis (1299) a mediados del siglo 14 segun archivos notariales Fodele constituye el feudo de la familia de Rethino Melisinos o Melisurgos.
Ya en el censo de 1577, realizado por el gobernador Giacomo Foscarini, el poblado es referido con el nombre de Fodele de la provincia de Milopotamos.
En 1879 forma parte del municipio de Damasta , en 1901 se adihere al municipio de Tilisos de la provincia de Malevisi , entre 1925 -1998 se constituye como comunidad autonoma y en la actualidad forma parte del municipio de Malevisi.
Segun los investigadores , los testimonios literalmente recogidos , el nombre de los casuales descubrimientos y el rico medioambiente , Fodele es una region con un rico paisaje arqueologico.
Hallazgos fortuitos y restos arquitectonicos se encuentran en las regiones de Yaliskari, Lenika, Anemokeratia etc.
En la region de Pera Galini arqueologos griegos (Banou, Tsivilikas, Lanieris) excavan desde 1993 una impresionante colonia minoica con restos arquitectonicos de suma importancia (establecimiento minoico medio posiblemente de dos plantas ) y descubrimientos de elementos de uso cotidiano . Segun los especialistas esta villa formaria parte de la red de los puertos- estaciones minoicas de la costa norte ya desde los viejos tiempos palaciales (1900-1700 AdC)
El valle litoral de Fodele es identificado por los investigadores como el probable puerto Pantomatrio de Axos, antigua ciudad que segun Plinio y Tolomeo se ubicaba despues de ‘’ Dion Akron ‘’ (quiza la actual peninsula de Stavros que cierra por el oeste la bahia de Fodele ), toponimo que se conecta epigraficamente con Eleftherna .
Segun P . Faure , se localizaron en 1963 restos romanos en la posicion Helinika o Lenika pero en 1989 el arqueologo ingles I. Sanders refuto eso hallazgos haciendo hizo una investigacion muy limitada en el lugar de la iglesia Bizantina.
