Παλαιοχριστιανικά και Βυζαντινά Μνημεία Μεταβυζαντινά μνημεία
Σε ειδυλλιακό κάδρο, στα πόδια του θεόρατου, πολύρρητου βράχου της Σκοτεινής (θέση Σκοτεινή ή Λουμπινιές), ένα χιλιόμετρο βορειοδυτικά του οικισμού βρίσκεται ο ναός των Εισοδίων της Θεοτόκου ανεγερμένος πάνω σε παλαιοχριστιανική βασιλική.
Η παλαιοχριστιανική βασιλική του Φόδελε
Πρόκειται για τρίκλιτη βασιλική, του 6ου πιθανότατα αιώνα, διαστάσεων 16 Χ11.30μ. Το κυρίως μέρος του ναού χωριζόταν από το ιερό με τέμπλο που έφερε μαρμάρινους πεσσίσκους και θωράκια διακοσμημένα με ανάγλυφους κόμβους, τα δε κλίτη χωριζόταν με πεσσοστοιχίες. Το δάπεδο έφερε μαρμαροθετήματα, μικρά μαρμάρινα χρωματιστά πλακίδια που είχαν διάφορα γεωμετρικά σχέδιαΤα σωζόμενα τμήματα της βασιλικής συνιστούν η περιμετρική τοιχοποιία, οι δυο πεσσοί που έχουν ενσωματωθεί στο Β και Ν τοίχο της νεότερης εκκλησίας της Παναγίας, ένα μαρμάρινο θωράκιο με κόμβους, τμήμα του μαρμαροθετήματος και βαπτιστήριο στο Β κλίτος της.
Η εκκλησία των Εισοδίων της Θεοτόκου του 11ου μ.Χ αιώνα
Πρόκειται για απλό τετράστυλο σταυροειδή εγγεγραμμένο με τρούλο ναό της ελλαδικής σχολής, χωρίς νάρθηκα, ο οποίος ανοικοδομήθηκε στο κεντρικό και ανατολικό τμήμα της παλαιοχριστιανικής βασιλικής.Παρότι η αρχιτεκτονική του ναού ανήκει στους τύπους της ελλαδικής σχολής πολλά από τα διακοσμητικά και δομικά στοιχεία του παραπέμπουν στη σχολή της Κων/πολης, όπως η στέγαση των γωνιαίων διαμερισμάτων με σταυροθόλια, τα τυφλά αψιδώματα των όψεων του ναού, η χρήση της τεχνικής της κρυμμένης πλίνθου, η απομίμηση ισόδομης τοιχοποίας με χαράγματα στο κονίαμα.Ο ναός κοσμείται με εξαιρετικές τοιχογραφίες τριών, κατά άλλους τεσσάρων, διαφορετικών στρωμάτων.Το παλιότερο στρώμα, του 11ου αιώνα, θεωρείται εξαιρετικά σημαντικό, καθώς ελάχιστα δείγματα τοιχογραφημένων ναών αυτής της εποχής σώζονται στη Κρήτη, αλλά και για την υψηλή ποιότητα τέχνης του. Τμήματα του στρώματος αυτού σώζονται στο ιερό, στους πεσσούς του τρούλου καθώς και στο δυτικό τμήμα του ναού (Δέηση, μεμονωμένες μορφές αγίων, οι οποίες καλύπτουν τις επιφάνειες των πλάγιων τοίχων, στα δυτικά σφαιρικά τρίγωνα του τρούλου διατηρείται ένας Σεραφείμ. Μεταξύ των παραστάσεων των μαρτύρων περιλαμβάνονται μάρτυρες της 15 Νοεμβρίου (Μερκούριος) και 13ης Δεκεμβρίου.Το δεύτερο στρώμα του 13ου αιώνα εστιάζεται στο ΝΔ και ΒΔ διαμέρισμα καθώς και σ’ ένα τμήμα του ιερού, θεωρείται δε η καλύτερη ποιότητα τέχνης του ναού. Το νεότερο στρώμα χρονολογημένο με επιγραφή του νότιου κλίτους, στο 1323, στην οποία αναφέρεται και το όνομα του δωρητή Μελισσουργού, μέλος ίσως της αρχοντικής οικογένειας του Ρεθύμνου, θεωρείται επαρχιακή τέχνη, με έντονα λαϊκό και εκφραστικό ύφος.Νότιο Κλίτος: Κοσμείται με σκηνές από το Βίο της Παναγίας: Εισόδια Θεοτόκου, προσευχή Ιωακείμ και Άννας, προσφορά Ιωακείμ και Άννας, Αγ. Άννα και Αγ, Γεώργιος κ.α.Ιερό: στην κόγχη του ιερού απεικονίζονται οι συλλειτουργούντες ιεράρχες, πάνω στηθάρια αγίων και στο τεταρτοσφαίριο της κόγχης Παναγία και άγγελοι. Δεξιά στους τοίχους της αψίδας Άγιας Δαμιανός και Αγία Ιουλία και αριστερά Αγ. Κήρυκος και Κοσμάς.Βόρειο κλίτος: Στρατιωτικοί άγιοι όπως Άγιος Νικόλαος κ.α
Μονή του Αγ. Παντελεήμονα
Σε κατάφυτη από αγριόδενδρα λοφοπλαγιά, πάνω από το ποταμό Μπεφάνη, τέσσερα χιλ. νότια του Φόδελε, μοναχοί του κατεστραμμένου από τους πειρατές μοναστηριού του Αγ. Αντωνίου των Πέρα Γαλήνων ίδρυσαν, σύμφωνα με τη παράδοση) στα μέσα 17ου αι. το μοναστήρι του Αγίου Παντελεήμονα.Η ανέγερση των κτισμάτων της μονής πραγματοποιήθηκε μάλλον σε διαφορετικές εποχές και οι γνώσεις μας για τη πιθανή αρχιτεκτονική της μορφή προέρχεται από το τοπογραφικό σκαρίφημα του Πλατάκη (1975), μετά τη «καλλωπιστική» καταστροφική επέμβαση του 1972. Η επιγραφή (1677) στη πύλη του μοναστηριού αναφέρεται μάλλον στο έτος κατασκευής της μονής και όχι στο έτος αποπεράτωσης της καθώς σύμφωνα με έγγραφο του τούρκικου Ιεροδικείου η μονή λειτουργούσε ήδη και δεχόταν δωρεές το 1670.Στην αρχική της φάση ακολουθεί τη τυπική μορφή μοναστικού συγκροτήματος φρουριακού χαρακτήρα.. Στο κέντρο βρίσκεται το καθολικό γύρω από το οποίο αναπτύσσονται κελιά, μαγειρεία, αποθήκες, ξενώνας κ.α Αξιόλογη είναι και η κρήνη του ναού (30μ από την είσοδο της μονής, μικρό θολωτό κτίσμα, με πρόσοψη που φέρει επιγραφή (ανακαίνιση της πηγής το 1866 από το μοναχό Ιωσήφ) και διακοσμείται με ανάγλυφο σταυρό και φυτικά κοσμήματα, ενώ χαμηλότερα ο κρουνός τοποθετείται ανάμεσα σε ανάγλυφες παραστάσεις λεόντων.Το καθολικό της μονής πρόκειται για δίκλιτο, δίρριχτο ναό, με παλαιότερο το αφιερωμένο στον Αγ. Παντελεήμονα βόρειο κλίτος, και νεότερο το νότιο του Αγ. Αντώνιο. (επιγραφή στο υπέρθυρο αναφέρει «κτίτορ της παρούσης Νεόφυτος ιερομόναχος Πεδιώτης», εγκαινιάσθηκε το 1881).Ιδιαίτερης καλλιτεχνικής αξίας είναι οι φορητές εικόνες του καθολικού, 17ου, 18ου και 19ου αιώνα (Β.κλίτος: Αγ. Αντώνιος, Ρίζαι Ιεσσαί (τέμπλο), Σύναξη Ασωμάτων και Ν. κλίτος Θεοτόκος, Χριστός Μέγα Αρχιερέας, Αγ. Παντελεήμονας, Αγ. Γεώργιος, Αγ. Δημήτριος, εικόνες του τέμπλο και η Γέννηση, Βάπτιση, Αποκαθήλωση, Αρχων Μιχαήλ κ.α.Ιστορικές μαρτυρίες επιβεβαιώνουν ότι η μονή ήταν μια από τις μεγαλύτερες της Κρήτης με αξιοσημείωτη προσφορά στον απελευθερωτικό αγώνα του 1866. Επί ηγουμένου Νεόφυτου Πεδιώτη η μονή υπήρξε αποθήκη τροφίμων και πολεμοφόδιων, καταφύγιο γυναικόπαιδων και χώρος σύσκεψης των οπλαρχηγών και καταστράφηκε το 1867 από το διοικητή Ηρακλείου Ρεσίτ Εφέντη. Τέλη 19ου αι. αριθμούσε 12 μοναχούς, αρχές του 20ου 30, μετά το 1940 μοναδικός της κάτοικος ο αγαπητός στη κοινότητα Φόδελε Μελέτιος Αποστολάκης που με αυταπάρνηση διατήρησε την μοναστική παράδοση. Σήμερα η μονή αριθμεί 2 μοναχούς.
Αγ. Παντελεήμονας στο Παπούρι
Η Παναγιά στο Πλατάνι του Βασιλικού
Στη νοτιοδυτική πλαγιά του όρους Βασιλικού (υψ. 435μ.) ανάμεσα σε πηγές (από τις
οποίες άλλοτε υδρευόταν το Φόδελε) και πλατάνια βρίσκεται μονόχωρος,
καμαροσκεπής ναός της Παναγίας Ζωοδόχου Πηγής ανακαινισμένος στις αρχές της
δεκαετίας του 90. Ο αρχικός ναός καθώς και τα ερείπια 5-6 κελιών ανήκουν στη
περίοδο της ενετοκρατίας.
Ο ναός του Προφήτη Ηλία
Νοτιοδυτικά του Αγ. Παντελεήμονα βρίσκεται ο μονόχωρος, καμαροσκεπής και μερικώς
θεμελιωμένος στο φυσικό βράχο ναός του Προφήτη Ηλία που ανάγεται στη περίοδο της
Ενετοκρατίας. Σε νοταριακό έγγραφο (1480-1500) ο ναός μνημονεύεται ως «μοναστήρι
του Αγ. Ηλια στο Φόδελε», από το οποίο σώζονται ερείπια νοτιοδυτικά του ναού
καθώς και μεταγενέστερο λιθόκτιστο αλώνι.
Αγ. Βασίλειος
Στη παραλία του χωριού, σύμφωνα με το χωρογραφικό πίνακα του Fr. Basilicata,
υπήρχε στη δυτική όχθη χειμάρρου ο οικισμός του Αγ. Βασιλείου, που όφειλε το
όνομα του σε ομώνυμο ναό. Στα ερείπια του ναού της εποχής της ενετοκρατίας
κτίστηκε πρόσφατα νέος και αφιερωμένος στον ίδιο Άγιο ναός. Ερείπια του οικισμού
σώζονται ακόμα καλυμμένα από πυκνή βλάστηση.
Ο Αγ. Ιωάννης στο Γιαλισκάρι
Στον όρμο Γιαλισκάρι, στη σκιά του Μπομπιά, ο μονόχωρος καμαροσκεπής ναός του
Αϊ-Γιάννη χρονολογείται τη περίοδο της ενετοκρατίας. Γνωστός και ως Αϊ-Γιάννης
Ντολμαδάς καθώς κατά παράδοση οι Φοδελιανοί τη παραμονή της εορτής του αγίου, 23
Σεπτεμβρίου, οργάνωναν πανηγύρι με κύριο έδεσμα τους ντολμάδες.