Το τοπωνύμιο Φόδελε αναφέρεται το 1248 σε έγγραφο του Κατάστιχου των Μοναστηρίων του Κοινού, ως περιοχή που η αυτοκρατορική μονή Σφάκας κατέχει καλλιεργήσιμη γη. Αποδίδεται στους πρώτους οικιστές Fodele (Fodelle), επώνυμο που μαρτυρείται σε κείμενα του 13ου και 14ου αιώνα, μεταξύ των οποίων ο κατάλογος των δουλοπάροικων Κρητών που απελευθερώθηκαν με τη συνθήκη (1299) του Αλέξιου Καλλέργη. Αργότερα στα μέσα του 14ου αιώνα, σύμφωνα με νοταριακές πράξεις το Φόδελε συνιστά φέουδο της ρεθυμνιώτικης οικογένειας αρχόντων των Μελισσηνών ή Μελισσουργών.
Στη παλαιότερη, γνωστή έως σήμερα, απογραφή του 1577 από το γενικό προβλεπτή Giacomo Foscarini ο οικισμός αναφέρεται ως Fodhele της επαρχίας Μυλοποτάμου. Κατά τη ψήφιση του δημοτικού νόμου από τη Γενική Συνέλευση του 1879 υπάγεται στο δήμο Δαμάστας, στο 1901 με τις διοικητικές ανακατατάξεις προσαρτήθηκε στο δήμο Τυλίσου επαρχίας Μαλεβιζίου, από το 1925-1998 συνιστά αυτόνομη κοινότατα, ενώ με το «Καποδιστρία» μέρος του δήμου Γαζίου και τον «Καλλικράτη» μέρος του Δήμου Μαλεβιζίου.
Σύμφωνα με τους ερευνητές, τις φιλολογικές μαρτυρίες, τον αριθμό των τυχαίων ευρημάτων, το πλούσιο φυσικό περιβάλλον το Φόδελε συνιστά περιοχή με ιδιαίτερο ενδιαφέρον αρχαιολογικό τοπίο. Τυχαία ευρήματα και αρχιτεκτονικά κατάλοιπα αναφέρονται στις περιοχές Γιαλισκάρι, Λενικά, Ανεμοκερατιά κ.α.
Στη περιοχή των Πέρα Γαλήνων Έλληνες αρχαιολόγοι (Μπάνου, Τσιβιλίκα, Λιανέρης) ανασκάπτουν, από το 1993, εντυπωσιακό μινωικό οικισμό με αξιόλογα αρχιτεκτονικά κατάλοιπα (μεσομινωικό συγκρότημα, πιθανότατα 2 ορόφων) και κινητά ευρήματα, ο οποίος, σύμφωνα με τους ίδιους εντάσσεται στο δίκτυο μινωικών λιμανιών – σταθμών της βόρειας ακτής ήδη από τα παλαιοανακτορικά χρόνια (1900-1700 π.Χ).
Η παράκτια κοιλάδα του Φόδελε ταυτίζεται από ερευνητές με το πιθανό επίνειο της Αξού, Παντομάντριον, αρχαία πόλη που τοποθετείται από τον Πλίνιο τον Πτολεμαίο μετά το ”Δίον Ακρον” (ίσως το σημερινό ακρωτήριο Σταυρού που κλείνει από δυτικά το όρμο του Φόδελε), τοπωνύμιο που συνδέεται επιγραφικά και με την Ελεύθερνα
Σύμφωνα με τον P. Faure, εντοπίστηκαν το 1963 ρωμαϊκά κατάλοιπα στη θέση ελληνικά ή Λενικά, άποψη που αμφισβήτησε το 1989, ο Άγγλος αρχαιολόγος I. Sanders σε περιορισμένη όμως στο χώρο της βυζαντινής εκκλησιάς έρευνα.
